L’église est construite par les architectes Hippolyte Durand, architecte diocésain, et Hippolyte Guichenné dans le quartier du Petit Bayonne entre 1856 et 1869 sous le règne de
Napoléon III dans le style néogothique, alors
fort en vogue. Elle est construite à l’emplacement de l’ancien collège de Bayonne qui fut un foyer du jansénisme.
Les sacrements sont des signes visibles du don gratuit (la grâce) de Dieu, institués par le Christ et confiés à l’Eglise. Par les sacrements, le croyant entre et participe à la vie divine. Les rites visibles (eau, imposition des mains, onction…) sous lesquels les sacrements sont célébrés, signifient et réalisent les grâces propres de chaque sacrement (pardon de Dieu, vie de Dieu par le baptême, service des frères par l’ordination…)
La construction est financée en grande partie par un legs (5 millions de francs en plusieurs dons) du banquier Jacques-Taurin de Lormand, mort en 1847. Le conseil municipal alloue en 1858 une somme supplémentaire pour la finalisation des travaux et le mobilier. L’église est consacrée le 7 mars 1862. L’ancienne église des Capucins qui la jouxte est démolie. Le 13 décembre 1895, une partie de la voûte s’effondre sur la tribune de l’orgue, car le sol est marécageux. Les flèches, trop lourdes et culminant à 74 mètres, sont démolies en 1901 et remplacées en 1903 par les deux tours beffroi actuelles.
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